こんにちはtomoです。
皆さんは次世代シーケンスのライブラリのクオリティチェックの際にどのような機器を使用していますか？
qPCRによる定量を行うこともありますが、電気泳動システムを使ってライブラリーの鎖長やプライマーダイマーがないか確認することも非常に大事ですよね。
この記事では私自身が実際に使用したことのある電気泳動システムを3つ紹介させていただきます。
初めに言っておくと、どの製品もとても素晴らしく、どれを使っても一般的なライブラリの定量を正確に行っていただくことができます。
各製品の特徴を紹介していきますので、ご自身の実験に適した製品を選んだで使用いただくのが良いかと思います。
BioAnalyzer
- 1ランあたりのサンプル数：11
- 解析対象物質：DNA、RNA
- 検出可能範囲：DNA：5 ～ 500 pg/µL（High sensitivity kit 試用時）、RNA：200 pg/µL（TE）（RNA 6000 ピコ total RNA Assay kit試用時）
ライブラリのクオリティチェックツールとして各社が推奨しているシステム。
縦横5cm程度のプラスチック製のチップの上にサンプルを載せる小さな穴が空いており、そこにピペットマンでサンプルを流し込んで使う。
サンプルは1 µlあれば良い。
NGSライブラリの定量に用いるのであれば、こちらを選んでまず間違いはない。
サンプルも1µlあればよく、再現性もとても良いです。
難点は一度に解析できるサンプル数が11サンプルという点です。
一枚のチップの中に11個の穴が空いていてそこにサンプルを流し込むシステムなので、11サンプルぴったりの時はコスパが良いです。
逆に11サンプルより少ないとコスパは悪くなります。
この点が後ほど紹介するTapeStationやMultiNAだと96サンプルまでの間で自由にサンプル数をコントロールできますで、使い勝手の良さで劣ってします点です。
ただし、解析の準備がとても簡便でコストをそこまで気にしない人ならこちらの製品を試用してしまって良いと思います。
TapeStation
- 1ランあたりのサンプル数：96
- 解析対象物質：DNA、RNA
- 検出可能範囲：DNA：10-1000pg/uL（HighSensitivity D1000用試薬試用時）、RNA：500-10,000pg/uL（High Sensitivity RNA用試薬試用時）
BioAnalyzerと同じくAgilentの製品。
サンプル数に合わせて試用するレーン数を調節できるため、BioAnalyzerよりも試薬のロスが少ないです。
また最大同時解析数も96と非常に多いです。
ただし、各社のNGSライブラリの定量ではBioAnalyzerが推奨されていますので、不安で確実に定量をおこないたいという人はBioAnalyzerを試用することを推奨します。
あくまでも風の噂ですが、BioAnalyzerの方がより確かに解析できると言われている方もいらっしゃるようです。
この点に関しては私が実際に確かめた訳ではないのであくまで参考までに留めておきます。
MultiNa
- 1ランあたりのサンプル数：96
- 解析対象物質：DNA、RNA
- 検出可能範囲：DNA：0.2ng/μL、RNA：5ng/μL
こちらは日本のメーカーであるShimadzuが販売する製品。
キャピラリーシーケンスの原理を利用して核酸の検出を行うという原理についてはBioAnalyzerなどと同様です。
ただし、こちらの機会はBioAnalyzerと比較すると、サンプル調整がめんどくさいという難点があります。一方でPCRチューブにサンプル調整を行うので、サンプル数を気にする心配がありません。
同時に何種類ものサンプルを捌く人にとってはMultiNaの方が時間もコストも削減できる可能性があります。
検出の感度に関してはBioAnalyzerと比較しても遜色ありませんし、ソフトウエアの使いやすさもまずまずです。
こちらの機械でライブラリを定量し、次世代シーケンサーで解析を行ったことがありますが、問題ありませんでした。
ただし、こちらはinputするサンプル量が2µl以上は必要です。
なので貴重なサンプルを何度も測定したいとなった時にBioAnalyzerと比べて分が悪いです。
しかしながらサンプルは水で希釈して測定を行えばそれほど問題が内容にも感じます。
まとめ
今回は次世代シーケンサのライブラリを定量する際に用いる電気泳動システムについて紹介させていただきました。
ご自身の実験スタイルに合わせて各種の機械を使用いただくのがベストかと思います。
今回紹介した機器はどれもNGSのライブラリ定量を行う上でクオリティとして申し分ない機能を持っているのではないかと思います。
この記事が皆さんのお役に少しでもたてば幸いです。最後までお読みいただきありがとうございました。
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